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葡萄树

描述说明:GrapeTree是一款交互的进化树可视化软件,使用GrapeTree可以对进化树和元数据进行灵活的操作和展示,绘制精美的进化树。
  • 详细说明
  • 概述:

    GrapeTree是一款交互的进化树可视化软件,使用GrapeTree我们可以对进化树和元数据进行灵活的操作和展示。诸如筛选树节点、展示子树、对不同元数据进行树填色、根据元数据选择树节点、添加新的元数据等。最关键在大量样本的情况下,葡萄树能够直观反映和展示出样本间复杂的进化关系,方便大家研究与分享数据。

    GrapeTree由英国华威大学微生物与感染系高级研究员周哲敏博士开发,该程序已在病原微生物研究领域被广泛应用。

     

    操作方法:

    1.     输入文件为nwk格式的进化树文件以及相应的metadatametadata中的提供的信息(如:采集地点,大陆,国家,省份,城市等)可用于葡萄树的着色和图例生成。Metadata应为tab分隔的txt文件。文件中的文本仅支持,英文字符,阿拉伯数字以及下划线。

    2.     Input/Outputs模块用于上传输入文件,下载和保存葡萄树。

    3.     Tree Layout模块,用于图片的居中、重绘、初始化、放大、缩小等。

    4.     Node Style模块,用于葡萄树节点样式的调节,可根据不同的metadata信息进行着色、显示标签。可修改字号、调节节点大小、分辨峰度百分比。支持特定标签的高亮。

    5.     Branch Style模块,可调节树枝的比例和枝的合并。可设置枝的阈值,显示或隐藏相应树枝。

    6.     Render模块,可用真实的树枝长度或者动态计算的方式进行图的呈现。

    7.     鼠标选中图中元素,按住Shift键可用鼠标选中图中元素后,鼠标右键显示选中元素所对应的metadata。

    8.     每次修改参数后,点击Static Redraw进行图片重绘。

    9. 转换图例,点击左边工作栏模块context menu,点击扩展选项Figure legend,在colour by中选择感兴趣的属性作为图例。

    10.  选取节点的几种方式:
    1) 按shift键后,可以用左键选取节点,然后点右键show metadata table,在最左边列的顶部输入t,就可以查看选中节点的信息。
    2) 点右键show metadata table,在table中筛选自己感兴趣的样本,记得在样本行左边打勾。
    3) 在图例中图标上点右键选择select related nodes。
    4) 在任一空白处点击右键,选择unselect all,可取消选择的节点。


    最佳体验模式:

    1. 点击鼠标右键,select all;

    2. 在左侧Rendering模块中选择dynamic;

    3. 在Node Style中将Node Size调小一些;

    4. 拖拽图中的节点,使葡萄树更为舒展。

    更多帮助请点击软件左上角的问号


    参考示例:

    示例展示为COVID-19的基因组进化树,可通过动态方式更好的浏览,首先点击右键->select all,然后左边工具栏中的Rendering模块中选择Dynamic


    结果呈现:

    图中为COVID-19数据所绘制的进化树。


    参考文献:

    GrapeTree: visualization of core genomic relationships among 100,000 bacterial pathogens. Genome Res. 2018 Sep; 28(9): 1395–1404.