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BSA关联云分析

描述说明:混池关联分析是基于NGS技术一站式简单性状定位的解决方案,通过对同一性状的极端差异材料分别进行混池测序,分析混池之间的基因型频率差异,确定与性状相关联的分子标记和功能区域,进行高质量的功能基因的挖掘。
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    BSA分析是将分离群体中表现出极端性状差异的个体DNA分别等量混合构建混池,利用NGS测序手段开发分子标记,通过计算混池间基因型频率的差异进行主效QTL定位的方法,可以快速高效的定位目标性状。

    项目流程图:

    步骤

    软件列表

    版本

    下载链接

    原始数据质控

    Fastp

    0.6.0

    https://github.com/OpenGene/fastp

    参考基因组比对

    BWA

    0.7.16

    https://bio-bwa.sourceforge.net/

    变异检测

    GATK

    3.8.0

    https://software.broadinstitute.org/gatk/

    变异功能注释

    SnpEff

    4.3

    https://snpeff.sourceforge.net/

    基因功能注释

    Blast

    2.6.0+

    https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

    变异可视化

    Circos

    V0..69-6 

    https://www.circos.ca/software/download/circos/


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