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进化分析

描述说明:进化分析是从分子进化的角度,揭示分类在演化过程中的亲缘顺序关系。
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    分析概述:

    系统发生进化树可以揭示相关物种或基因的生物演化进程和机制,主要根据基因序列构建进化树,用于对比分析不同环境或特定物种或功能的基因在分子进化的水平上发生的变化和差异。

    操作方法:

    1、输入构建进化树的fasta序列文件,第一行为序列名,以>开头,第二行为序列的具体序列,如图1所示。


    1

    2、选择上传序列的类型,no_coding表示为非编码序列,coding表示编码序列,amino_acid表示氨基酸序列。

    3、输入序列在各样品中的丰度文件,此文件用于在进化树图中展示对应序列的丰度柱形图,也可不输入(即不展示丰度柱形图),输入文件类型为行名为序列名,列名为样品名,丰度文件中的序列名需与序列文件内的序列名相一致,如图2所示。


    2

    4、输入序列分组文件,此文件用于不同序列分类在进化树分析图中用不同的颜色展示,也可不输入(即所有的序列为同一颜色),文件上传.txt格式文件(可将excel表格另存为制表符或unicode格式的txt文件),表头以#name开头,应为两列,一列是序列名称,第二列是分类名称,应与丰度文件中的序列名称相一致,如图3所示。


    3

    5、输入样品分组文件,此文件用于在进化树图中展示丰度柱形图对应的分组比例,也可不输入(即所有的柱子为同一颜色),文件上传.txt格式文件(可将excel表格另存为制表符或unicode格式的txt文件),表头以#name开头,应为两列,第一列是样品名称,第二列是样品对应的分组名称,应与丰度文件中的样品名称相一致,如图4所示。


    4

    6、选择进化树构建方式:可选NJ:邻接法,ML:最大似然法,MP:最大简约法。

    7、点击保存并运行,即可生成进化树图和环形进化树图,如图5所示。


    5

    8、图表工具可用于调整序列分组和样本分组颜色,是否显示主标题、bootstrap值等对呈图进行优化。

    图例解读:


    注:左图展示进化树图,树图中的数字为bootstrap值,不同的颜色表明不同序列的分类,下方比例尺表明实线树枝的长度,右图为对应的序列在各样品分组中的丰度柱形图,下方比例尺代表对应的丰度大小,k1000

    参考文献:

    [1]Jayakumar A, Chang B X, Widner B, et al. Biological nitrogen fixation in the oxygen-minimum region of the eastern tropical North Pacific ocean[J]. The ISME Journal, 2017, 11(10): 2356.

    [2]Lawson C E, Wu S, Bhattacharjee A S, et al. Metabolic network analysis reveals microbial community interactions in anammox granules[J]. Nature communications, 2017, 8: 15416.

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