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置换多元方差分析

描述说明:置换多元方差分析(PERMANOVA)[Permutational multivariate analysis of variance,置换多元方差分析],又称Adonis分析,可利用距离矩阵对总方差进行分解,分析不同分组因素或环境因子(如临床表型数据、土壤理化指标等)对样品差异的解释度,并使用置换检验进行显著性分析。
  • 详细说明
  • PERMANOVA (Permutational multivariate analysis of variance, 置换多元方差分析), 又称 Adonis 分析, 可利用半度量(如 Bray-Curtis) 或度量距离矩阵(如 Euclidean) 对总方差进行分解, 通过线性模型分析不同分组因素或环境因子(如临床表型数据、 土壤理化指标等) 对样品差异的解释度, 并使用置换检验进行显著性分析。



    1、以微生物多样性分析为例,输入的二维数据表为otu_table.txt,如图1。数据表的制作方法参照参数设置页面说明。


    图1


    2输入环境因子文件,文件应为txt格式。环境因子文件的制作方法参照参数设置页面说明。


    图2


    3、选择距离算法:提供29种距离算法,用户可根据需要自行选择。

    4、点击保存并运行即可。

    5、运行成功后可直接查看Permanova结果表,查看每个环境因子对样本差异的影响程度大小。


    图3


    Characteristics,表示分组标准或环境因子指标; SumsOfSqs,总方差,又称离差平方和; MeanSqs,均方(差),即 SumsOfSqs/Df;F.Model,F 检验值;R2,表示不同分组或环境因子指标对样品差异的解释度,即分组或环境因子指标方差与总方差的比值,R2 越大表示分组或环境因子指标对差异的解释度越高;P_value,此次分析的可信度,小于0.05说明本次检验的可信度高;p.adjust为FDR显著性校正值。


    [1]Zhang X, Johnston E R, Liu W, et al. Environmental changes affect the assembly of soil bacterial community primarily by mediating stochastic processes[J]. Global change biology, 2016, 22(1): 198-207.

    [2]Ling F, Hwang C, LeChevallier M W, et al. Core-satellite populations and seasonality of water meter biofilms in a metropolitan drinking water distribution system[J]. The ISME journal, 2016, 10(3): 582-595.