经系统检测,您当前使用的浏览器可能不符合交互需求。

为获得更好的交互体验,推荐您使用以下浏览器。

Firefox

点击下载

Chrome

点击下载

NMDS分析

描述说明:非度量多维尺度分析(NMDS)是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
  • 产品介绍
  • 撰写评论

    非度量多维尺度分析(NMDS, Nonmetric Multidimensional Scaling )是一种将多维空间的研究对象(样本或变量)简化到低维空间进行定位、分析和归类,同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据,仅能得到他们之间等级关系数据的情形。


    NMDS的基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数,在保持原始数据次序关系的基础上,对其进行变量变换以数据列替换原始数据进行度量型多维尺度分析。其特点是根据样品中包含的物种信息,以点的形式反映在多维空间上,而对不同样品间的差异程度,则是通过点与点间的距离体现的,最终获得样品的空间定位点图,如样本的组成越相似,则样本点在图中的距离越接近,反之亦然。




    1、以微生物多样性分析为例,输入的二维数据表为otu_table,如图1。数据表的制作方法参照参数设置页面说明。

    图1


    2、可选择性输入分组文件,分组文件应为txt格式,如图2。分组文件中可包括多种分组方案,分组文件的制作方法参照参数设置页面说明。

    图2

    3、设置距离算法:提供8种常见的距离算法,用户可依据需要任意选择。

    4、图表工具可用于调整分组的颜色及形状方案,修改主标题、X轴标题、Y轴标题。

    5、切换结果表中的分析记录,可查看全部分析结果。

     

    图3

    不同颜色或形状的点代表不同环境或条件下的样本组,横、纵坐标轴的刻度是相对距离,无实际意义。样本点的空间距离代表样本间的距离。

     

    1、Yan G, Wang C, Zhang W, et al. Vertical and horizontal assemblage patterns of bacterial communities in a eutrophic river receiving domestic wastewater in southeast China[J]. Environmental Pollution, 2017, 230:469-478.

    2、Yan G, Wang C, Zhang W, et al. Vertical and horizontal assemblage patterns of bacterial communities in a eutrophic river receiving domestic wastewater in southeast China[J]. Environmental Pollution, 2017, 230:469-478.




    最新评论:

    ( 正在加载... )