经系统检测,您当前使用的浏览器可能不符合交互需求。

为获得更好的交互体验,推荐您使用以下浏览器。

Firefox

点击下载

Chrome

点击下载

Circos

描述说明:Circos是一个用于数据信息可视化的软件包,因其独特的展示形式,使其成为探索对象和定位之间关系的理想工具。利用Circos图可方便地展示多种类型的信息,特别适合展示不同层次的数据信息以Circos圈的形式呈现出来。
  • 详细说明
  • 撰写评论

    Circos是一个用于数据信息可视化的软件包,因其独特的展示形式,使其成为探索对象和定位之间关系的理想工具。利用Circos图可方便地展示多种类型的信息,特别适合展示不同层次的数据信息以Circos圈的形式呈现出来。Circos图最初主要用于基因组序列相关数据的可视化,目前已应用于多个领域,大多数关系型数据都可以尝试用Circos来可视化。



    1、以微生物多样性分析为例,输入的二维数据表为otu_table,如图1。数据表的制作方法参照参数设置页面说明。

    图1



    2、可选择性输入分组文件,分组文件应为txt格式,如图2。分组文件中可包括多种分组方案,分组文件的制作方法参照参数设置页面说明。


    图2


    3、设置合并小于此数值的区域,可将丰度较低的数据合并为Others。可选数值分别为:5%、2%、1%、0.05%、0.02%、0.01%。

    4、点击保存并运行生成相应的结果图,如图3。

    5、图表工具可用于调整分组的颜色方案,修改主标题。

    6、切换结果表中的分析记录,可查看全部分析结果。


    图3


    通过Circos图能够清晰的看出研究对象之间的分布比例关系。以微生物多样性数据为例,左侧最外圈红色和绿色大圈代表不同的样本组,右侧最外圈代表门水平的物种。左侧内圈展示不同样本组中核心物种在该组中所占的比例,右侧内圈展示不同物种在各组中的分布比例。


    1、Ye L, Amberg J, Chapman D, et al. Fish gut microbiota analysis differentiates physiology and behavior of invasive Asian carp and indigenous American fish.[J]. Isme Journal, 2014, 8(3):541.

    2、Yang Y, Li B, Ju F, et al. Exploring Variation of Antibiotic Resistance Genes in Activated Sludge over a Four-Year Period through a Metagenomic Approach[J]. Environmental Science & Technology, 2013, 47(18):10197-10205.

    3、Fabris S, Scarciolla O, Morabito F, et al. Multiplex ligation-dependent probe amplification and fluorescence in situ hybridization to detect chromosomal abnormalities in chronic lymphocytic leukemia: a comparative study.[J]. Genes Chromosomes & Cancer, 2011, 50(9):726-734.




    最新评论:

    ( 正在加载... )