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如何创建感兴趣或关注的基因集以及合并基因集?

答:如果您对特定的物种或功能比较关注,想单独挑出此基因集进行各项的深入分析,可对感兴趣的物种或功能创建新的基因集,方式有两种:

1)针对宏基因组研究中使用较多的KEGG数据库,为方便老师在不同Pathway层级上进行挑选,在KEGG功能注释分析Pathway页面中可直接勾选关注的Pathway层级进行创建基因集,步骤如下:

第一步:进入KEGG功能注释分析中的Pathway层级页面中,此处按照KEGG数据库中Pathway的层级进行展示,如图1所示,可直接在关注的Pathway中进行勾选;

图1



第二步:勾选好之后点击“创建基因集”按钮,如图2所示。

图2



第三步:填写创建的新基因集的名称,描述信息等,点击“确定”即可,如图3

图3



1)在物种与功能注释模块物种与功能注释总览页面中,可根据关注的物种或功能创建新的基因集,步骤如下:

第一步:在“物种和功能注释检索条件”中查询所关注的物种或功能,以物种为例,如图1所示。

图1



第二步:查询之后,在下方基因物种与功能表总览中即呈现此物种的所有的基因序列,点击“创建基因集”按钮,如图2所示,待运行成功后,在成功的分析记录中直接查看此基因集即可。

图2



第三步:如对多个物种比较关注,可进行合并基因集操作,如除Firmicutes外,还关注Bacteroidetes,方法如上,先进行查询,在进行创建基因集,如图3

图3




4步:在基因集列表中点击选择合并的基因集,如图4,生成的基因集中即包含FirmicutesBacteroidetes

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