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如何对差异表达基因\转录本运行?

第一步:下拉【表达量统计表】并选择数据属性是基因或转录本,后面会根据数据属性自动更换出对应的表格。

图1

第二步:选择分组方案以及差异分组方案,或者选择之前已经创建完成的分组方案和差异分组方案,该部分请参考“如何创建分组方案”和“如何创建差异分组方案”问题解答。

图2

第三步:选择差异分析软件及阈值,对于有生物学重复的实验设计,建议DESeq2软件,默认阈值:p-adjust < 0.05 && |log2FC| >= 1,即选出在两组或两个样本中基因表达倍数大于2且经多重检验校正之后p值仍小于0.05的差异基因/转录本;

对于没有生物学重复的实验设计,建议DEGseq软件,默认阈值:p-adjust< 0.005 && |log2FC| >= 1,即选出在两组或两个样本中基因表达倍数大于2且经多重检验校正之后p值仍小于0.005的差异基因/转录本。

另外,差异分析软件edgeR可作为备选软件进行差异分析,该软件在有、无生物学重复时都可进行差异分析,默认阈值:p-adjust < 0.05 && |log2FC| >= 1。

图3

第四步:判断样本间基因\转录本表达是否显著差异的筛选阈值的确定,除了系统默认的值外,可以根据差异基因\转录本的多少进行变化,如若差异基因\转录本过少,可调高阈值或者使用p-value进行筛选;如若过多,可调低阈值。若不以该条件筛选,请填写“1”,若不以差异倍数FC筛选,请填写“1”,但注意:不能同时设置显著性水平为1和FC为1。

图4

第五步:确定差异分析的各个条件后,点击运行,关注右侧面板的“分析记录”,如图5,运行成功后,在【表达量差异统计表】处会出现此次运行的记录,可对此结果进行进一步的分析。

图5




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